Semula Universitas PGRI Yogyakarta (UPY) berbentuk Institut (IKIP PGRI Yogyakarta) yang berdiri pada tanggal 11 Desember 1962 berdasarkan Surat Keputusan Menteri Perguruan Tinggi dan Ilmu Pengetahuan RI Nomor 44/B/Swt/P/62. Untuk memenuhi tuntutan kebutuhan pembangunan, perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi serta memperhatikan prospek masa depan, sejak 1995, dirintislah alih bentuk dari Institut menjadi Universitas berdasarkan pada Keputusan Dirjen Dikti Nomor 180/DIKTI/Kep/1997 tanggal 25 Juni 1997 ditandai pula dengan lahirnya Fakultas Ekonomi yang terdiri atas : 

  1. Program Studi Akuntansi jenjang Strata 1 (S-1) dengan izin penyelenggaraan No 10931/D/T/K-V/2012 tanggal 8 Maret 2012. Status Akreditasi Prodi Akuntansi adalah peringkat “A” berdasarkan Surat Keputusan BAN-PT No 4945/BAN-PT/Akred/S/XII/2017 tertanggal 27 Desember 2017
  2. Program Studi Manajemen jenjang Strata 1 (S-1) dengan izin penyelenggaraan No 10931/D/T/K-V/2012 tanggal 8 Maret 2012. Status Akreditasi Prodi Manajemen adalah peringkat “B” berdasarkan Surat Keputusan BAN-PT No 4210/BAN-PT/Akred/S/XI/2017 tertanggal 7 November 2017

Berdasarkan Surat Keputusan Rektor No 157/SK/REKTOR-UPY/IX/2019 tanggal 16 September 2019 tentang perubahan nama fakultas dan pengelompokan program studi, maka Fakultas Ekonomi berganti nama menjadi Fakultas Bisnis. Pergantian nama ini menunjukkan compliance Perguruan Tinggi terhadap nomenklatur penamaan fakultas dan program studi sesuai dengan Peraturan Menteri Riset, Teknologi dan Pendidikan Tinggi Republik Indonesia Nomor 15 Tahun 2017 tentang Penamaan Program Studi pada Perguruan Tinggi dan Keputusan Menteri Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi Republik Indonesia Nomor 257/M/KPT/2017 tentang Nama Program Studi pada Perguruan Tinggi. 

Pada 24 September 2021, Universitas PGRI Yogyakarta menerima Surat Keputusan dari Menteri Pendidikan, Kebudayaan, Riset dan Teknologi Republik Indonesia tentang izin pembukaan program studi bisnis digital program sarjana. Sehingga Fakultas Bisnis Universitas PGRI Yogyakarta saat ini memiliki 3 (tiga) program studi yang dikelola yakni Akuntansi, Manajemen dan Bisnis Digital.